Před dvanácti lety zaútočil na skrytou vesnici ninjů – Konohu (Listovou), devítiocasý liščí démon Kyuubi. Ten dokázal jediným švihem svých ocasů drtit hory a vyvolat tsunami. Zničil téměř celou vesnici, než jej jeden geniální shinobi - Čtvrtý Hokage, porazil. A poté zemřel. Ani Čtvrtý Hokage však nedokázal démona zabít, proto jej zaklel do právě narozeného chlapce. Tím chlapcem byl Naruto.
Uplynulo 12 let, Naruto vyrostl. O svém prokletí nemá ani páru, což ovšem neplatí pro ostatní vesničany, kteří v něm stále vidí to monstrum, které zničilo jejich domovy a povraždilo jejich příbuzné.
Právě kvůli tomu je Naruto stále osamělý, bez přátel, bez příbuzných, bez lásky. Aby na sebe upoutal pozornost, neustále provádí všelijaké darebárny, provokuje koho může, ale to jeho situaci spíš přitěžuje. Navíc je totálně neschopný, na akademii jen taktak prolézá a jako jediný ze studentů už po několikáté nezvládl maturitu. Zdá se, že Naruto je od začátku ztracená existence. Jediný, kdo Naruta jakž takž bere na vědomí, je jeho učitel z Akademie - Iruka, jemuž liščí démon také zabil rodiče. Iruka však kvůli tomu necítí k Narutovi zášť, právě naopak - v mládí byl stejný jako Naruto a dívá se na chlapce jako na svého syna nebo možná mladšího bratra. Je to právě on, kdo Narutovi odhalí jeho děsivé prokletí a po drobném incidentu s jiným učitelem dokonce nechá Naruta odmaturovat - a Narutovi se konečně dostane na správnou cestu naplnit svůj obrovský sen - stát se nejmocnějším Hokagem.
Cesta však ještě bude hodně trnitá, kaktusová pole z pohádek Looney Tunes se můžou jít zahrabat hodně hluboko. To že Naruto zvládl maturitu totiž nic neznamená. Jako nováček (Genin - nejnižší úroveň ninji) je zařazen do tzv. týmu 7, kde musí plnit nejrůznější mise, obvykle vysoko přesahující jeho schopnosti. V každém případě se však celých (prozatím) asi 200 epizod netočí kolem jednotvárných dobrodružství "nová mise, chránit starou babku na cestě z X do Y, sakra byli jsme přepadeni, au teď jsem se nasral, nakopu jim prdele...". Ne, pokud si myslíte tohle (je to logické, přece jenom Naruto je ninja anime), asi budete hodně překvapeni. Celkem brzo se totiž rozvine nadupaná dějová linie propojující celý příběh, která vám nedá spát. Jednoduše neusnete, pokud neuvidíte další díl (připravte se 3 týdny nespat).
Pokračování první série Naruta nese název Naruto Shippuuden. Konec fillerů a opět pokračuje příběh. Všechno se odehrává o 2 a půl roku později než předchozí díly. Všichni tři naši hrdinové byli trénováni legendárními sanniny - Naruto trénoval s Jiraiyou, Sakuru mezitím učila nové techniky Tsunade a Sasuke je nadále v moci Orochimarově...
Příběh začíná když se Naruto vrací z tréningu s Jirayiou a chystá se spnit to co kdysi slíbil - najít Sasukeho. Jenže na Písečnou vesnici mezitím zaútočili členové nepřátelské skupiny Akatsuki a unesli současného Kazekageho kterým se stal..kdo jiný než Gaara.Tým 7 (Naruto, Sakura a Kakashi) byl vyslán aby pomohl získat Gaaru zpět. Organizace Akatsuki však chtějí
Gaaru jen kvůli Jinchuuriki (jednoocasému démonovi Shukaku). Jejich cílem je získat všechny démony a s jejich pomocí ovládnout svět, proto jdou samozřejmě také po Narutovi (Kyuubim).Kromě Uchiha Itachiho a Hoshigaki Kisameho se také setkáme s dalšími členy organizace Akatsuki jako např. Deidara a Sasori kteří právě zaútočí na Písečnou vesnici... Samozřejmě i kromě Akatsuki se v Shippuudenu objeví spoustu úplně nových postav a spolu s nimi i nové techniky. Prostě je se na co těšit!